V roce 1969 obdržel jeho film „Obři“, vytvořený již pro Československou republiku, cenu na známém filmovém festivalu v San Sebastianu. Protože satiricky kritizoval poměry v té době socialistického Československa, bylo zde jeho promítání dvacet let zakázáno. V průběhu 70. a 80. let minulého století vytvořil Gene Deitch v české produkci řadu krátkých animovaných filmů často založených na známých dětských knihách či syžetech, např. „Hloupá žába“ podle folkové písničky Pete Seegera. Od roku 2004 je držitelem ceny Annie Winsor McCay Award za celoživotní dílo na poli animovaného filmu.