Když se ale řekne Boubín, každému se vybaví prales. A ano, opravdu jej tu najdete. Jeho stáří se odhaduje na 12 tisíc let, od konce poslední doby ledové. Zabrat původnímu porostu dala v nedávné minulosti těžba dřeva pro sklárnu v Kubově huti. Naštěstí byla většina území tak špatně přístupná, že se raději težilo jinde. Dnes bojují boubínské stromy především s lýkožroutem, který se tu rozšířil po orkánu Kyrill.