Dne 30. června 1934 plánoval odcestovat lodí z Bremerhavenu na Madeiru, kde se chystal strávit líbánky. V den, kdy se chtěl se svou nevěstou a svým přítelem Martinem Kirschbaumem, který mu cestu financoval, nalodit, byl zatčen na základě zatykače, který přišel z Berlína. Předtím byl Ernst v Berlíně marně hledán. Po zatčení byl surově zbit a předán do rukou SS komanda vedeného Kurtem Gildischem, jedním z osobních strážců Adolfa Hitlera, který Ernsta spolu se svými muži brutálně mučil a vyslýchal.