Muto byl zatčen americkými okupačními úřady a postaven před Mezinárodní vojenský tribunál pro Dálný východ. Tento vojenský soud, známý také jako Tokijský proces nebo Tokijský tribunál pro válečné zločiny, se sešel 29. dubna 1946, aby soudil japonské představitele za válečné zločiny, zločiny proti lidskosti a zločiny proti míru.
