Po úspěšné vzpouře dostal Wagner rozkaz, aby pomohl tábor zlikvidovat. Pomáhal při rozebírání tábora a odstraňování důkazů o jeho existenci. Nemilosrdně komandoval židovské vězně, kteří byli na tento úkol přiděleni. Poté, co Židé zničili všechny budovy, odstranili minová pole a strhli ostnatý drát, je Wagner zabil. Za svou práci v táboře byl Gustav Wagner odměněn válečným záslužným křížem II. třídy a Heinrich Himmler ho označil za jednoho z mužů, kteří se o operaci Reinhard nejvíce zasloužili. Po Sobiboru byl Wagner převelen do Itálie, kde se spolu s dalšími pracovníky vyhlazovacích táborů a programu T4 podílel na deportacích Židů.
