Cíle byly pečlivě vybírány. První osobou, kterou vězni zavraždili, byl zástupce velitele Sobiboru Johann Niemann, který byl toho dne nejvýše postaveným důstojníkem SS ve službě. Niemanna zabil zajatec Rudé armády - Žid Alexandr Šubajev, který mu zezadu sekerou rozštípl lebku. Během jedné hodiny od začátku povstání bylo zabito celkem 11 důstojníků SS. Szmajzner vystřelil ze své pušky čtyřikrát. Jedna z kulek zasáhla jednoho z dozorců ve strážní věži, který upadl na zem a byl na místě mrtvý. Bylo to poprvé, co Stanislav použil střelnou zbraň. Poté zavládl chaos. Vězni museli utéct přelezením plotu z ostnatého drátu nebo se spasit útěkem hlavní branou přes minové pole pod těžkou kulometnou palbou. Někteří šlápli na minu. Někteří to vzdali a vůbec se o útěk nepokusili.
