Během všech výslechů Kaltenbrunner důrazně protestoval proti tomu, aby byl nazýván Heydrichovým nástupcem. Poukazoval na to, že zatímco jemu bylo vyplaceno 1 820 říšských marek, což je plat generála policie, Heydrichův příjem v úřadu činil více než 30 000 říšských marek. Kaltenbrunner také patřil k hlavním iniciátorům a organizátorům operace Reinhard, což bylo krycí jméno pro systematické vyhlazování Židů v Generálním gouvernementu - Německem okupovaném Polsku. V rámci této operace byly zřízeny tři vyhlazovací tábory Bełżec, Sobibor a Treblinka. Když byl Kaltenbrunner dotázán, zda ví, že ve vyhlazovacím táboře Treblinka, který byl v provozu mezi 23. červencem 1942 a říjnem 1943, kdy byl v úřadu, bylo zavražděno 400 000 Židů, odpověděl „ne“.
