Původním účelem Flossenbürgu bylo využívat pracovní síly vězňů k těžbě žuly pro nacistické stavební projekty. Až do poloviny roku 1943, kdy se tábor stal klíčovým dodavatelem dílů pro letouny Messerschmitt Bf 109, byla na práci v lomu nasazena přibližně polovina vězňů. Podmínky, v nichž vedení tábora nutilo vězně pracovat, a absence byť jen základní lékařské péče přispěly k šíření nemocí, jako byla úplavice nebo tyfus. Navíc vytvořili Němci vězňům tak drsné životní podmínky, že často raději zvolili sebevraždu. Nacistický personál tábora prováděl časté popravy, trestal vězně bičováním a nařizoval dlouhé a nesmírně únavné nástupy. Velitel tábora Max Koegel tyto krutosti toleroval.
